L’année de renaissance du Fort et une nouveauté très importante fait son apparition. Pour commencer, le générique du début de l’émission est complètement changé. Avec le logo de Fort Boyard remontant de façon impressionnante à la surface de l’eau et une musique complètement réorchestrée pour que celle-ci sonne plus navale et « Boyardesque », Fort Boyard ne peut se porter que mieux.
Le temps limite de l’aventure (80 minutes) est maintenant affichée sur un morceau de mur du Fort qui apparaîtra en bas de l’écran quelques fois, contrairement au Boyard précédemment employé pour la même raison.
Il n’y a désormais plus de carte du Fort à aller chercher chez le Père Fouras, et une personne différente à chaque fois ira voir le vieux sage.
Différents personnages très drôles font leur apparition (dont le pirate Jaba, joué par Yan Lukes, qui participera à quelques épreuves et se promenera également sur le Fort pour tenter d’ennuyer les candidats). Mais l’élément le plus innovateur de cette sixième année de diffusion est : La Salle du Conseil, où les Maîtres des Jeux résident.
Après avoir obtenu leurs sept clés et relâché les prisonniers, les participants se dirigent vers le souterrain du Fort où se cachent les Maîtres et la Salle du Conseil. Le but est de gagner du temps supplémentaire pour la Salle du Trésor.