L'émission s'articule autour de 6 phases : la Quête des clés, la Salle du Jugement, la Quête des indices, la Libération des prisonniers, la Salle du Conseil et la Salle du Trésor.

Afin d'ouvrir la porte de la Salle du trésor, 9 clés sont nécessaires depuis l'année dernière. L'équipe a 50 minutes pour les gagner. Elles s'obtiennent en réussissant des épreuves de force, d'agilité ou encore de concentration. L'équipe dispose pour chacune d'elle d'un temps imparti symbolisé par clepsydre bleu. Si il n'est pas resorti avant la fin de celle-ci, la clé est perdue et il est fait par la même occasion prisonnier. 

C'est lors de cette phase que l'équipe peut faire face à la Boyard Academy.

Au milieu de la quête des clés, la Cage permettra à l'équipe de récupérer jusqu'à 3 clés supplémentaires.

Si au bout des 50 minutes l'équipe n'a pas récupéré ses 9 clés, elle aura l'occasion de les obtenir dans la Salle du Jugement.

L'intérêt de ce lieu est double : d'une part l'équipe peut obtenir les clés manquantes si le cas se présente et d'autre part les éventuels prisonniers peuvent tenter d'obtenir leur libération.

Pour les clés manquantes, un des candidats va devoir se sacrifier en échange d'une clé et pénétrer dans ce lieu mystérieux.

Les candidats qui se sont sacrifiés pour que leur équipe puisse obtenir la ou les clés manquantes ou les candidats faits prisonniers tentant de se libérer en Salle du Jugement ont le choix entre deux types de défis : chance ou adresse.

Après avoir fait leur choix, les candidats doivent réussir leur défi proposé par Blanche faute de quoi, ils partent en prison au moins jusqu'au début du Conseil.

Après avoir récupéré ses 9 clés et avant de s'attaquer à la Quête des Indices, l'équipe pénètre dans un ascenseur (en travaux !) qui lui permettra de découvrir les aventures qui seront jouées par les candidats. L'intérêt de cette découverte est simple : l'équipe se voit offrir par le Père Fouras un joker. Ce joker lui permettra d'échanger un candidat dans une aventure.

Après cette mise en bouche, l'équipe se lance maintenant dans la Quête des indices qui lui permettront par recoupement de trouver le mot code du jour. L'équipe aura à affronter 6 aventures.

Ces indices s'obtiennent dans des aventures préparées par le Père Fouras. Les candidats devront se surpasser et affronter leurs peurs et leurs phobies. Chaque aventure a un temps imparti ; l'indice s'auto-détruit une fois ce temps écoulé.

Nouveauté cette année, les aventures jouées en intérieur sont chronométrées par une clepsydre rouge. Le candidat peut donc être fait prisonnier s'il ne sort pas à temps de la cellule, comme dans la partie de la quête des clés.

Les prisonniers qui n'ont pas pu être libérés chez Blanche se voient offrir une dernière chance de libération. Leur évasion consiste à trouver le moyen sortir de leur prison et effectuer le plus rapidement possible un parcours dans les souterrains du fort. Si le parcours n'est pas réalisé dans le temps imparti qui est fixé à 2min30, les secondes supplémentaires nécessaires à l'achèvement du parcours sont retranchées du temps alloué à la collecte des boyards lors de la phase de la Salle du trésor.

L'équipe se rend au Conseil présidé cette année encore par le Père Fouras. L'enjeu : gagner du temps dans la Salle du trésor.

• 4 duels sont joués face à un Maître du temps ;
• Chaque duel se joue en une manche ;
• Il n'y a pas de retrait de temps si le candidat perd son duel ;
• Chaque duel remporté fait gagner 15 secondes à l'équipe pour la Salle du Trésor (Le temps minimum alloué à l'équipe pour la Salle du trésor est de 3 minutes, hors temps perdu lors de la Grande Evasion).

Dernier chapitre de l'aventure ! Avec ses 9 clés, l'équipe peur déverrouiller la porte de la Salle du Trésor et tenter de remporter le trésor de Fort Boyard dans le temps imparti défini précédement par la Libération des prisonniers et la Salle du Conseil.

Pour trouver le mot code du jour, l'équipe peut ouvrir les indices remportés lors de la Quête des indices. Ces indices, en étant associés entre eux, permettent de déduire ce mot-code. Si ces indices ne suffisent pas, l'équipe a la possibilité de sacrifier un de ses équipiers qui en échange d'un nouvel indice ne pourra pas pénétrer dans la Salle du trésor.

Pensant avoir trouvé le mot code, l'équipe peut entrer dans la Salle du trésor et chaque membre se place sur une des lettres de l'alphabet géant et qui compose le mot. Après le traditionnel "Félindra, tête de tigre" et quelques longues secondes de suspense, les boyards tombent dans le puits et l'équipe dispose du temps restant pour en récolter le maximum. Si le mot proposé s'avère être érroné, aucun boyard ne tombe et la grille se referme.

Enfin, Passe-Partout et le capitaine de l'équipe versent la récolte dans une balance qui révèle à l'équipe ses gains. En cas d'échec ou de récolte inférieure, le montant des gains minimum est fixé à 3 000 €.