Avant toute chose, un tirage au sort a lieu au fort Liédot sur l'île d'Aix afin de déterminer les 2 équipes qui partiront s'affronter sur le fort. Ce tirage est en général effectué par le benjamin des candidats présents. La 1ère équipe désignée sera l'équipe Titane (aux tenues à dominante bleu/gris) et la 2ème équipe sera l'équipe Cuivre (à dominante beige/orange). Les 8 candidats embarquent alors pour Fort Boyard.

Dans cette première manche, les Cuivres et les Titanes s'affrontent pour récolter des clés. Elle se déroule de la façon suivante :

• Duel 1
• Épreuve Cuivre
• Épreuve Titane
• Duel Énigme
• Épreuve Cuivre
• Épreuve Titane
• Duel 2
• Épreuve Cuivre
• Épreuve Titane
• Relais arbalète

Pour chaque épreuve, duel ou individuelle, Olivier Minne explique son déroulement et les qualités requises afin de réussir au mieux l'épreuve. L'équipe doit alors se concerter et désigner le ou les candidats.
L'enjeu d'une épreuve duel est double : la gagner permet non seulement de gagner une clé mais aussi de pouvoir pour l'épreuve individuelle suivante d'éviter le passage par la case prison en cas d'échec. L'équipe adverse se verra dans l'obligation de réussir son épreuve faute de quoi le candidat sera amené sans ménagement en prison par la Boule.

A noter qu'à l'issue du Duel 2, les 2 épreuves suivantes sont optionnelles. En effet, si une équipe a un déficit de plus de 2 clés par rapport à l'équipe adverse, elle ne pourra rattraper son retard et est donc amenée à quitter le fort.
Le Relais arbalète quant à lui ne sera disputé que si l'écart entre les 2 équipes n'est que d'une seule clé. Outre le fait de remporter 2 clés, il est l'occasion pour les équipes de pouvoir délivrer leur éventuel prisonnier. L'équipe victorieuse remportera de ce fait cette manche.

L'équipe qui a remporté la manche précédente reste sur le fort et est rejointe par l'équipe des Champions (aux tenues à dominante noire) qui est celle qui a récolté le plus de boyards lors de la dernière émission. Elles se retrouvent devant la salle du trésor où Olivier Minne demandera à Félindra de faire tomber le trésor dans le puits à boyards.

Le déroulement de cette 2ème manche est identique à la précédente, si ce n'est que les équipes remportent non plus des clés mais des indices :

• Duel 1
• Épreuve Challengers
• Épreuve Champions
• Duel Énigme
• Épreuve Challengers
• Épreuve Champions
• Duel 2
• Épreuve Challengers
• Épreuve Champions

Les épreuves duel apportent toujours l'avantage de ne pas faire subir à un candidat de l'équipe un passage par la case prison en cas d'échec lors de l’épreuve individuelle suivante mais cette fois-ci, l'équipe victorieuse obtient en outre le luxe de choisir son épreuve suivante parmi les 2 choix proposés et imposer l'autre à ses adversaires.

A la fin de cette manche, les candidats doivent se rendre dans la salle des Maîtres qui n'a plus grand chose à voir avec l'ancien Conseil. Le but n'est plus de gagner du temps pour la Salle du Trésor mais de tenter de libérer son éventuel prisonnier.

Deux duels sont proposés, 3 en cas d'égalité. Lors du 1er duel, un candidat de chaque équipe participe. Lors du second duel, 2 candidats et lors de l'éventuel 3ème duel toute l'équipe est impliquée. Seule l'équipe qui remporte le plus de duel peut libérer son prisonnier. Si elle n'en a pas, elle empêche l'équipe adverse de libérer le sien.

Vient désormais la dernière partie du jeu : la Salle du Trésor, bien différente de ce que l’on a pu connaitre par le passé : il n'y a plus d'alphabet au sol mais une inscription « FORT BOYARD », ce n'est plus le mot code qui déclenche la chute du trésor, plus aucune clé n'est nécessaire pour l'ouverture de la grille qui, au passage, ne fait plus pour ainsi dire office de moyen d'accès à la Salle du Trésor.

Les 2 équipes arrivent sur le proscenium et posent leurs indices respectifs sur la colonne à indices. Cette colonne libère des indices simultanément à chacune des deux équipes. A partir du moment où les indices sont dévoilés, un chronomètre de 3 minutes 30 commence à s’égrainer.

En manque d'indices, les candidats ont la possibilité de faire des sacrifices pour les aider à découvrir le mot code. Le candidat qui se sacrifie va se placer aux côtés d’Oliver Minne, ce qui actionnera la libération d'un nouvel indice. Il ne pourra pas en revanche pénétrer dans la Salle du Trésor.

Lorsque l’équipe pense avoir trouvé le mot code, elle doit l’écrire à l’aide d’une craie sur une plaque d’acier et l'insérer dans un dispositif qui débloquera leur accès à la Salle du Trésor, accès qui ne se fait plus par la grille mais par un passage souterrain qui débouche en haut des escaliers.

Dès lors, les candidats doivent faire un maximum d’aller et retour entre le puits et leur réservoir à boyards. Une minute avant la fin du chronomètre, la grille de la Salle du Trésor s’ouvre afin que les candidats puissent en ressortir puis se referme progressivement pendant les 30 dernières secondes. Les candidats doivent garder un oeil sur la grille car si l’un d’entre eux restait enfermé dans la Salle du Trésor, son équipe perdrait immédiatement.

Suite à cela, Passe-Partout et Passe-Muraille procèdent à la pesée de chacune des 2 équipes. Pour la première fois dans l’histoire du jeu, le résultat ne s’affiche pas en euros mais en kilos : c'est l’équipe qui a ramassé le plus de boyards qui est potentiellement gagnante. Potentiellement seulement car si son mot code s'avère être érroné, c'est à l'équipe adverse que revient la victoire à condition qu'elle aussi ait le bon mot code. Dans le cas où les 2 mots codes soient érronés ou qu'aucune n'ait pu pénétrer dans la salle du trésor, c'est celle qui aura récolté le plus d'indices qui sera proclamée vainqueur et qui empochera les 10 000 €.