Cette saison encore, l'émission s'articule autour de 6 phases : la Quête des clés, la Salle du Jugement, la Quête des indices, la Libération des prisonniers, la Salle du Conseil et la Salle du Trésor.

Afin d'ouvrir la porte de la Salle du trésor, 9 clés sont nécessaires.  L'équipe a 50 minutes pour les gagner. Ce chronomètre est enclanché par Mister Boo, le geolier et sonneur de gong du fort.

Les clés s'obtiennent en réussissant des épreuves de force, d'agilité ou encore de concentration. L'équipe dispose pour chacune d'elle d'un temps imparti symbolisé par une clepsydre bleue. 

 Si le candidat ne ressort pas d'une épreuve avant la fin du temps imparti, il est fait prisonnier et est envoyé par Mister Boo dans les prisons du fort. 

Les candidats seront guidés de cellules en cellules par Passe-Partout. Comme chaque année, c'est le Père Fouras qui décide quel candidat fera quelle épreuve. C'est son messager, Passe-Muraille, qui sert d'intermédiaire entre le Père Fouras et l'équipe. 

Au milieu de la quête des clés, le chronomètre s'arrêtera pour la séquence de la Cage qui permettra à l'équipe de récupérer jusqu'à 3 clés supplémentaires. Les défis s'effectuerons face aux enfants du fort : Aïnhoa, Casey, Maï-Linh, Preston, Salomé et Shadi. C'est Rouge qui dirige cette séquence.

Durant la quête des clés, les candidats rencontreront certains personnages du fort, comme Magik, Patrice Laffont, Narcisse Lalanne ou Mégagaf.

Si au bout des 50 minutes l'équipe n'a pas récupéré ses 9 clés, elle aura l'occasion de les obtenir dans la Salle du Jugement.

L'intérêt de ce lieu est double : d'une part l'équipe peut obtenir les clés manquantes si le cas se présente et d'autre part les éventuels prisonniers peuvent tenter d'obtenir leur libération.

Pour chaque clé manquante (sur les 9 requises pour ouvrir la Salle du Trésor), un des candidats va devoir se sacrifier en échange d'une clé et pénétrer dans la Salle du Jugement. S'ils réussissent le duel proposé par Blanche, ils seront libérés, dans le cas contraire, ils seront fait prisonniers jusqu'à la fin des aventures. Les candidats volontaires auront le choix au Jugement entre une épreuve de chance ou d'adresse. 

S'il y a des prisonniers, ils vont devoir effectuer eux aussi un défi. S'il est remporté, le prisonnier est libéré, sinon, il restera dans les prisons jusqu'aux aventures.

A la fin du Jugement, un des candidats devra prendre place sur un autel à sacrifice. Ce sacrifice permettra à l'équipe de remporter un cadeau instimable : un joker durant la quête des indices.   

Après avoir récupéré ses 9 clés et avant de s'attaquer à la Quête des Indices. Avant celà, ils vont se rendre dans la Salle des Aventures. Dans cette salle, les candidats vont découvrir les aventures qu'ils vont devoir vivre. Par ailleurs, ils vont retrouver le candidat sacrifié en fin du Jugement. Ce dernier sera installé dans le Willymix. Il va jouer pour remporter un joker. Ce joker permettra à un candidat d'être remplacé par un de ses co-équipiers si jamais il ne se sent pas capable de réaliser une aventire. 

Ce joker s'obtient en passant auprès de la curieuse machine de Willy, le Willy-Mix le robot qui cuisine les candidats ! Un candidat sélectionné au préalable se rend auprès de Willy pour s'installer sur un robot qui n'est pas sans rappeler celle du film les Sous-Doués et répondra à des questions axées sur Fort Boyard. S'il obtient la moyenne, le joker est remportée pour l'équipe. 

Après cette mise en bouche, l'équipe se lance maintenant dans la Quête des indices qui lui permettront par recoupement de trouver le mot code du jour. L'équipe aura à affronter 6 aventures.

Ces indices s'obtiennent dans des aventures préparées par le Père Fouras. Les candidats devront se surpasser et affronter leurs peurs et leurs phobies. Chaque aventure a un temps imparti ; l'indice s'auto-détruit une fois ce temps écoulé.

Les aventures jouées en intérieur sont chronométrées par une clepsydre rouge. Le candidat peut donc être fait prisonnier s'il ne sort pas à temps de la cellule, comme dans la partie de la quête des clés.

Durant la quête des indices, les candidats se rendront au Restaurant du Chef Willy. 

Les prisonniers qui n'ont pas pu être libérés chez Blanche (ou qui auraient été prisonniers lors des aventures) vont pouvoir s'évader. Leur évasion consiste à trouver le moyen sortir de leur prison et effectuer le plus rapidement possible un parcours dans les souterrains du fort. Si le parcours n'est pas réalisé dans le temps imparti qui est fixé à 2min30, les secondes supplémentaires nécessaires à l'achèvement du parcours sont retranchées du temps alloué à la collecte des boyards lors de la phase de la Salle du trésor.

L'équipe se rend au Conseil présidé cette année encore par le Père Fouras. L'enjeu : gagner du temps dans la Salle du trésor.

• 4 duels sont joués face à un Maître du temps ;
• Il n'y a pas de retrait de temps si le candidat perd son duel ;
• Chaque duel remporté fait gagner 15 secondes à l'équipe pour la Salle du Trésor (Le temps minimum alloué à l'équipe pour la Salle du trésor est de 3 minutes, hors temps perdu lors de la Grande Evasion).

Dernier chapitre de l'aventure ! Avec ses 9 clés, l'équipe peur déverrouiller la porte de la Salle du Trésor et tenter de remporter le trésor de Fort Boyard dans le temps imparti défini précédement par la Libération des prisonniers et la Salle du Conseil.

Pour trouver le mot code du jour, l'équipe peut ouvrir les indices remportés lors de la Quête des indices. Ces indices, en étant associés entre eux, permettent de déduire ce mot-code. Si ces indices ne suffisent pas, l'équipe a la possibilité de sacrifier un de ses équipiers qui en échange d'un nouvel indice ne pourra pas pénétrer dans la Salle du trésor.

Pensant avoir trouvé le mot code, l'équipe peut entrer dans la Salle du trésor et chaque membre se place sur une des lettres de l'alphabet géant et qui compose le mot. Après le traditionnel "Félindra, tête de tigre" et quelques longues secondes de suspense, les boyards tombent dans le puits et l'équipe dispose du temps restant pour en récolter le maximum. Si le mot proposé s'avère être érroné, aucun boyard ne tombe et la grille se referme.

Enfin, Passe-Partout et le capitaine de l'équipe versent la récolte dans une balance qui révèle à l'équipe ses gains. En cas d'échec ou de récolte inférieure, le montant des gains minimum est fixé à 3 000 €.