Tout comme la saison 2012, la saison 2013 apporte pas ou peu de nouveautés dans son schéma de jeu composée de 5 parties distinctes. À noter toutefois que les candidats rendus prisonniers dans la Salle du Jugement ont désormais la possibilité d'être libérés lors du Conseil.

Durée : 45 minutes

Afin d'ouvrir la porte de la Salle du trésor, 7 clés sont toujours nécessaires. Elles s'obtiennent en réussissant des épreuves « made in Boyard » de force, d'agilité ou encore de concentration. L'équipe dispose pour chacune d'elle d'un temps imparti symbolisé par clepsydre. Si il n'est pas resorti avant la fin de celle-ci, la clé est perdue et il est fait par la même occasion prisonnier.

Si au bout des 45 minutes l'équipe n'a pas récupéré ses 7 clés, elle aura l'occasion de les obtenir dans la Salle du Jugement.

L'intérêt de ce lieu est double : d'une part l'équipe peut obtenir les clés manquantes si le cas se présente et d'autre part les éventuels prisonniers peuvent tenter d'obtenir leur libération.

Pour les clés manquantes, un des candidats va devoir se sacrifier en échange d'une clé et pénétrer dans ce lieu mystérieux. La maîtresse des lieux, Blanche, lui proposera un défi qu'il devra réussir au risque de se retrouver prisonnier, tout du moins jusqu'au au Conseil.

Pour les prisonniers, ils vont tenter d'obtenir leur libération en jouant avec le hasard à la Roue du destin.

Durée : 25 minutes

Ses 7 clés obtenues, l'équipe se lance maintenant dans la Quète des indices qui lui permettront par recoupement de trouver le mot code du jour.

Ces indices s'obtiennent dans des aventures préparées par le Père Fouras et où les candidats devront se surpasser et affronter leurs peurs et phobies. Chaque aventure a un temps imparti et qui voit l'indice détruit ce dernier écoulé.

L'équipe se rend au Conseil présidé par le Père Fouras. L'enjeu : gagner du temps dans la Salle du trésor. Nouveauté cette année : l'équipe a la possibilité de racheter ses éventuels prisonniers au prix de 15 secondes de temps en moins.

Trois candidats vont avoir la possibilité d'affronter un des Maîtres dans un duel de force, d'adresse ou de mémoire. À chaque fois, ils doivent choisir une mise de temps de 10, 20 ou 30 secondes qui sera du temps en plus ou en moins si ils gagnent ou non leur duel.

Durée : de 1 minute 30 à 4 minutes

Dernier chapitre de l'aventure ! Avec ses 7 clés, l'équipe peur dévérrouiller la porte de la Salle du Trésor et tenter de remporter le trésor de Fort Boyard dans le temps imparti gagné ou perdu précédemment durant le Conseil.

Pour trouver le mot code du jour, l'équipe peut ouvrir les indices remportés lors de la Quète des indices. Ces indices, en étant associés entre eux, permettent de déduire ce mot-code. Si ces indices ne suffisent pas, l'équipe a la possibilité de sacrifier un de ses équipiers qui en échange d'un nouvel indice ne pourra pas pénétrer dans la Salle du trésor.

Pensant avoir trouvé le mot code, l'équipe peut entrer dans la Salle du trésor et chaque membre se place sur une des lettres de l'alphabet géant et qui compose le mot. Après le traditionnel "Félindra, tête de tigre" et quelques longues secondes de suspense, les boyards tombent dans le puits et l'équipe dispose du temps restant pour en récolter le maximum. Si le mot proposé s'avère être érroné, aucun boyard ne tombe et la grille se referme.

Enfin, Passe-Partout et Passe-Muraille versent la récolte dans une balance qui révèle à l'équipe ses gains. En cas d'échec ou de récolte inférieure, le montant des gains minimum est fixé à 3 000 €.