Cette saison l'émission évolue. Les prisons prennent une place plus importante dans le programme. Par ailleurs, on retrouve une configuration plus classique pour l'émission. Les candidats n'attendent plus toute l'émission au niveau du proscenium, désormais, ils se déplacent de nouveau, en équipe, de cellules en cellules. 

Afin d'ouvrir la porte de la Salle du trésor, 8 clés sont nécessaires.  L'équipe a 45 minutes pour les gagner. Ce chronomètre est enclanché par Big Boo, le geolier et sonneur de gong du fort.

Les clés s'obtiennent en réussissant des épreuves de force, d'agilité ou encore de concentration. L'équipe dispose pour chacune d'elle d'un temps imparti symbolisé par une clepsydre bleue. 

Si le candidat ne ressort pas d'une épreuve avant la fin du temps imparti, il est fait prisonnier et est envoyé par Big Boo dans les prisons du fort. 

Les candidats seront guidés de cellules en cellules par Passe-Partout. Comme chaque année, c'est le Père Fouras qui décide quel candidat fera quelle épreuve. C'est son messager, Passe-Muraille, qui sert d'intermédiaire entre le Père Fouras et l'équipe. 

Au milieu de la quête des clés, le chronomètre s'arrêtera pour la séquence de la Cage qui permettra à l'équipe de récupérer jusqu'à 3 clés supplémentaires. Les défis s'effectuerons face à la Famille Boo : Lady Boo, Big Boo et Little Boo. C'est Rouge qui dirige cette séquence.

Durant la quête des clés, les candidats rencontreront certains personnages parlants du fort comme Cyril Gossbo, Mégagaf' Magik, ou Gary Boo.

Si au bout des 45 minutes l'équipe n'a pas récupéré ses 8 clés, elle aura l'occasion de les obtenir dans la Salle du Jugement.

Les candidats qui ont été faits prisonniers durant la quête des clés vont pouvoir se libérer grâce à un autre prisonnier : le Chef Willy. Pour cela, ils vont devoir réussir la séquence du Willymaton. Ils vont devoir réussi une photo officielle de prisonnier parfaite.

S'ils n'ny parviennent pas, ils resteront dans les prisons jusqu'à la fin de la quête des indices. Ils auront pour cela trois tentatives.

Cette saison, la Salle du Jugement de Blanche ne sert plus qu'à obtenir les éventuelles clés manquantes. 

Pour chaque clé manquante (sur les 8 requises pour ouvrir la Salle du Trésor), un des candidats va devoir se sacrifier en échange d'une clé et pénétrer dans la Salle du Jugement. S'ils réussissent le duel proposé par Blanche, ils seront libérés, dans le cas contraire, ils seront fait prisonniers jusqu'à la fin des aventures. Les candidats volontaires auront le choix au Jugement entre une épreuve de chance ou d'adresse. 

Après avoir récupéré ses 8 clés et avant de s'attaquer à la Quête des Indices, Olivier Minne va révéler les différentes aventures que vont vivre les candidats. Cette année, cette séquence a lieu dans l'antichambre du Jugement. 

L'équipe aura à affronter 5 aventures.

Les aventures sont généralement plus coriaces que les jeux proposés durant la quête des clés. Chaque aventure permet de gagner un indice. Les indices permettent de déduire un mot-code qui déclenchera en fin d'émission la chutte des boyards.

Chaque aventure a un temps imparti à l'issue duquel l'indice s'auto-détruira. Les aventures jouées en intérieur sont chronométrées par une clepsydre rouge. Le candidat peut donc être fait prisonnier s'il ne sort pas à temps de la cellule.

Les candidats qui sont prisonniers à ce stade du jeu vont de nouveau pouvoir s'évader (encore grâce au Chef Willy).

Pour ce faire, le Chef Willy va transformer les prisons en un Restaurant. Les prisonniers vont devoir manger dans un temps imparti le plat proposé par le Chef Willy. S'ils y parviennent, le Chef Willy leur indiquera un moyen de s'évader (par les WC !), sinon, chaque seconde perdue lors de la dégustation sera du temps en moins dans la Salle du Trésor.

3 membres de l'équipe, guidés par Passe-Partout vont pouvoir se rendre au Conseil présidé cette année encore par le Père Fouras.

L'enjeu : gagner du temps dans la Salle du trésor.

• 3 duels sont joués face à un Maître du temps ;
• Il n'y a pas de retrait de temps si le candidat perd son duel ;
• Chaque duel remporté fait gagner 15 secondes à l'équipe pour la Salle du Trésor (Le temps minimum alloué à l'équipe pour la Salle du trésor est de 2 minutes 30, hors temps perdu lors du Restaurant). 

C'est l'étape finale de l'aventure ! Avec ses 8 clés, l'équipe peut déverrouiller la porte de la Salle du Trésor et tenter de remporter le trésor de Fort Boyard dans le temps imparti défini précédement par la Libération des prisonniers et la Salle du Conseil.

Pour trouver le mot code du jour, l'équipe peut ouvrir les indices remportés lors de la Quête des indices. Ces indices, en étant associés entre eux, permettent de déduire ce mot-code. Si ces indices ne suffisent pas, l'équipe a la possibilité de sacrifier un de ses équipiers qui en échange d'un nouvel indice ne pourra pas pénétrer dans la Salle du trésor.

Pensant avoir trouvé le mot code, l'équipe peut entrer dans la Salle du trésor et chaque membre se place sur une des lettres de l'alphabet géant et ainsi composer le mot code.

Olivier Minne scande alors le fameux "Félindra, tête de tigre" qui permet de valider le mot code.

Après quelques longues secondes de suspense, les boyards tombent dans le puits et l'équipe dispose du temps restant pour en récolter le maximum. Si le mot proposé s'avère être érroné, aucun boyard ne tombe et la grille se referme.

Enfin, Passe-Partout et Passe-Muraille versent la récolte dans une balance qui révèle à l'équipe ses gains. En cas d'échec ou de récolte inférieure, le montant des gains minimum est fixé à 3 000 €.

L'émission se termine par une pensée du jour proposée par Olivier Minne. 

Pour 8 émissions de la saison, la soirée se poursuit avec une émission de deuxième partie de soirée, durant laquelle les candidats peuvent remporter 1500€ de plus pour leur association (en réussiant 3 épreuves bonus).